日本的行政机关，是负责日本国家行政事务的政府机关，主要是内阁下属的各政府单位，事实上也可以等同于日本政府。相对于地方公共团体（地方政府），称为中央政府、中央官厅、中央省厅（Central Government），或简称为省厅。
一般日本的行政机关，是指《国家行政组织法》中“国家的行政机关”规定的省及其中央直属局（委员会、厅）以及内阁府设置法中规定的内阁府及其中央直属局（委员会、厅）。内阁府是为了强化内阁的功能而设置的比各省更高一级的行政机关。
另外也指以内阁总理大臣（首相）为首的内阁府，和以各国务大臣为首的总务省、法务省、外务省、财务省、文部科学省、厚生劳动省、农林水产省、经济产业省、国土交通省、环境省、防卫省、国家公安委员会（警察厅）等1府12省厅。
中央省厅一览
2007年（平成19年）1月9日当前的中央省厅一览。中央省厅于2001年（平成13年）1月6日进行组织改组，大致形成了现在的体制框架。粗字体为以国务大臣为首的行政机关。
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省厅名
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设置所根据的法律、备注等
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内阁法
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内阁法制局设置法
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安全保障会议设置法
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国家公务员法。属内阁管辖。
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内阁府设置法
- 宫内厅法。虽不是内阁府的直属局，却是“内阁府的组成部分”。（内阁府设置法第48条）
- 禁止垄断法。于2003年（平成15年）4月9日由总务省的直属局改为内阁府的直属局。“属内阁总理大臣管辖”。
- 警察法。“属内阁总理大臣管辖”（同法第4条第1项），为“管理警察厅”（同法第5条第2项）的内阁府之直属局。委员长由国务大臣担任。（同法第6条）。
- 警察法。是国家公安委员会中的“特别机关（内阁府设置法第56条）。 ”
- 金融厅设置法。为内阁府之直属局。
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总务省设置法
- 公害等调查委员会设置法。为总务省直属局。
- 消防组织法。为总务省直属局。
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法务省设置法
- 检察厅法。是法务省中的“特别机关”（法务省设置法第14条第1项）。
- 公安审查委员会设置法。为法务省直属局。
- 公安调查厅设置法。法务省直属局
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外务省设置法
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财务省设置法
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文部科学省设置法
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厚生劳动省设置法
- 厚生劳动省设置法、劳动组合法、劳动关系调整法等。为厚生劳动省直属局。
- 厚生劳动省设置法。为厚生劳动省直属局。
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农林水产省设置法
- 农林水产省设置法。为农林水产省直属局。
- 农林水产省设置法。为农林水产省直属局。
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经济产业省设置法
- 经济产业省设置法。为经济产业省直属局。
- 经济产业省设置法。为经济产业省直属局。
- 中小企业厅设置法。为经济产业省直属局。
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- 运输安全委员会
- 气象厅
- 海上保安厅
- 海难审判厅
- 观光厅
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国土交通省设置法
- 国土交通省设置法。为国土交通省直属局。
- 国土交通省设置法。为国土交通省直属局。
- 海上保安厅法。为国土交通省直属局。
- 海难审判法。为国土交通省直属局。
- 国土交通省设置法。
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环境省设置法
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防卫省设置法。于2007年（平成19年）1月9日由内阁府的直属局防卫厅升格为防卫省。
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